Do XIV. století
Prvními obyvateli vrchu Zelená hora (536 m) se stali v letech před naším letopočtem Keltové. Na samém vrcholu se nalézal obětní kámen a do kruhu postavené oltáře a kameny k sezení. Pověst praví, že v 10. století procházel zdejším krajem biskup sv. Vojtěch, který požehnal v dobách velkého sucha lidu žijícího pod horou, brzy na to začalo pršet a vrch se zazelenal (odtud Zelená hora). I ve městě pod horou pomoklo, tudíž bylo nazváno Pomukem – později Nepomukem.
Ve století X.–XIII. patřila Zelená hora zřejmě k župě plzeňské, někdy také klatovské, ale určitých zpráv o ní máme až z dob husitských, kdy patřila klášteru nepomuckému.
V letech 1144–5 vznikl pod horou cisterciácký klášter, jehož účelem bylo vymýtit stopy pohanství v tomto kraji. Zelená hora se stala majetkem onoho kláštera, který vystavěl na ni zřejmě nějakou strážní věž. První písemná zmínka o opevněném sídle na této hoře pochází z roku 1221, kdy dal král Přemysl Otakar I. list nepomuckému opatovi, aby zdejší lid nebyl obtěžován robotou při budování hradů Teslína, Práchně a Zelené Hory.
Mikuláš z Husi (1419) a Bohuslav ze Švamberka (1420–1425)
Roku 1419 přitáhl se svým vojskem k úpatí Zelené hory husitský hejtman Mikuláš z Husi a Horu obsadil. Roku 1420 byl klášter husity vypálen. Protože prý Bohuslav ze Švamberka prokázal mnoho platných služeb císaři Zikmundovi proti husitům, bylo mu dne 22. srpna 1420 zapsáno veškeré jmění vypáleného kláštera pomuckého včetně Zelené hory, která byla tak odňata vládě kněžské a dostala se do rukou světských.
Hynek Krušina ze Švamberka (1436–1454) s příbuznými
V letech 1425-1436 byla Zelená Hora v držení obce Klatovské, poté přešla jako dědictví po Bohuslavu ze Švamberka na jeho bratra – Hynka Krušinu ze Švamberka. Po jeho smrti držel Zelenou Horu nedlouhou dobu jeho syn Bohuslav.
Zdeněk ze Šternberka (1464? – 4. 12. 1475), jeho synové (1475–1492) a další příbuzní (1492–1726)
Není přesně známo, kdy a proč přešla Zelená Hora do držení Zdeňka ze Šternberka. Roku 1464 jím zde byl vyzdvižen kostelík sv. Vojtěcha. Dne 28. listopadu 1465 se konal na zdejším hradě v Černém sálu sjezd katolických pánů a byla ustanovena Jednota zelenohorská. Jednotlivci se zavázali, že si budou po dobu pěti let pomáhat proti králi Jiřímu z Poděbrad (který pocházel z husitsky orientovaného panského rodu), u kterého upadli v nemilost a který chtěl být spravedlivým vládcem kališníků i katolíků. 14. dubna 1467 konal se na stejném místě druhý sjezd jednoty, na kterém byla slíbena pomoc císaři Fridrichovi proti králi Jiřímu z Poděbrad, jelikož papež zbavil jej titulu, majetku i práv. Zdeněk ze Šternberka byl – jakožto předák Jednoty zelenohorské – 20. dubna 1467 potvrzen papežem Pavlem II. za vůdce katolíků proti králi. Katolická opozice zvolila r. 1469 českým králem Matyáše I. Korvína, uherského krále. Jiří z Poděbrad zemřel roku 1471 a o čtyři roky později i Zdeněk ze Šternberka. Synové Zdeňka ze Šternberka (Jaroslav, Zdeslav, Jan a Jiří) drželi pak hrad společně až do roku 1479, kdy jim byli navráceny dříve odňaté statky. Zelená Hora připadla nejstaršímu synovi Jaroslavovi, který ji vlastnil do své smrti roku 1492.
Následovala více než dvě století dlouhá vláda pánů ze Šternberka, přerušovaná vždy jen na dobu několika let, například Zdeňkem Lvem z Rožmitálu (Zelenou Horu vlastnil v letech 1528 až zřejmě 1536). Zdeněk Lev z Rožmitálu brzy prohýřil veškerý majetek.
A tak se Zelená Hora opět vrátila do držení Šternberků, když ji vykoupil od královské komory synovec Albrechta ze Šternberka Adam (vlastnil ji od 28. září 1536 do 6. února 1560). Dne 4. února 1558 dal císař Ferdinand I. vložit do zemských desek Adamo dědičné právo na Zelenou Horu.
Roku 1665 obdržel Zelenou Horu Václav Vojtěch ze Šternberka. Za jeho vlády byl zřejmě v letech 1670 až 1688 zdejší hrad přestavěn na raně barokní zámek. Václav Vojtěch ze Šternberka zemřel 23. ledna 1708. Jelikož neměl žádných dosud žijících dětí, zdědil po něm Zelenou Horu jeho strýc – Leopold ze Šternberka, který prodal r. 1726 panství Adolfu Bernardovi, hraběti z Martinic.
Martinicové (1726–1784)
Adolf Bernard z Martinic byl úspěšným politikem a vlivným mužem. Záhy připojil k Zelené Hoře plánické panství, které zdědil po svém otci. Po jeho smrti dne 27. července 1735 přechází Zelená Hora na jeho dceru Marii Dominiku z Martinic. V Černém sálu se nacházel její obraz, na kterém byla vymalována v černých jeptišských šatech. Traduje se o ní pověst, že o půlnoci z obrazu vystupovala, bloudila po zámeckých chodbách a naříkala pro svého syna, kterého porodila místnímu myslivci. Otec však nepřál jejich lásce a dítě nechal zazdít za krbem knihovny. Myslivec se brzy na to zastřelil. Marie Dominika tyto události psychicky neunesla a vstoupila do kláštera sv. Anny ve Vídni a odtud vládla panství až do své smrti v roce 1784. Za vlády Marie Dominiky byla na zelenohorském panství provedena pozemková reforma, tzv. raabisování. Marie Dominika odkázala v poslední vůli celé panství říšskému kancléři Františku Gundakarovi, a to pro jeho nezletilého syna Jeronýma.
Colloredo-Mannsfeldové (1784–1852)
Tito první příslušníci cizí šlechty (původem z Itálie) na zámku se stali nejhoršími a nejkrutějšími majiteli zdejšího panství. Neměli žádný vztah k české zemi, ke zdejšímu lidu, jeho zvykům a tradicím. Nejtvrdší robota znásobená zavedením prací v železných hutích, vypálených za třicetileté války, byla tou pověstnou „třešničkou“ na dortu. Hrabě František Gundakar se pyšnil řádem Zlatého rouna, znakem feudální špičky, udělovaným jen za významné činy (spolu s dřívějšími majiteli panství – Václavem Vojtěchem ze Šternberka a Adolfem Bernardem z Martinic). Po jeho smrti roku 1807 přešla Zelená Hora z vůle jeptišky Marie Dominiky z Martinic do rukou jeho druhorozeného syna – hraběte Jeronýma. Tento udatný generál se v ničem nelišil od svého otce, a tak útisk selského lidu pokračoval dále. Za jeho vlády nalezl důchodní Kovář na zámku Rukopis zelenohorský. Jeroným zemřel roku 1822 a panství přešlo na jeho syna – knížete Františka de Paulu. Stejně jako jeho předci pobýval i on na Zelené Hoře převážně jen v období honů. Po jeho smrti panství r. 1852 přešlo věnem (po svatbě s knížetem Vincencem Karlem z Auerspergu) na jeho jediného potomka – kněžnu Vilemínu.
Auerspergové (1852–1931)
Vilemína na rozdíl od svých předků byla dámou nevšedně šlechetnou a laskavou, milovala svůj lid. Ač se knihovní majitelkou panství stala až nyní, ve skutečnosti hospodařila na Zelené Hoře již za života otce. Po smrti manžela v roce 1867 si zvolila Zelenou Horu za své hlavní letní sídlo, a proto v letech 1868–70 a 1886–88 dostal zámek přibližně dnešní podobu. Vilemína zemřela ve Vídni 19. prosince 1898.
Vilemína Zelenou Horu odkázala svému synovi – Engelbertu Ferdinandovi. Ten zde r. 1902 hostil později zavražděného následníka rakouského trůnu Ferdinanda d´Este a r. 1904 amerického milionáře Gordona Benneta, přičemž se zde uskutečnily slavné bennetovské hony, při nichž v důsledku sázky padlo za oběť během pár dnů nad 20 000 koroptví. Roku 1911 byl zámek naposledy přestavován, a to dosti necitelně. Byly v něm například zřízeny nové koupelny či přiveden telefon.
Po vzniku Československa v roce 1918 byly šlechtě odebrány její tituly i privilegia a navíc pozemková reforma z roku 1921 značně zmenšila rozlohu zelenohorského panství. Engelbert Ferdinand prodal dne 1. října 1931 Zelenou Horu manželům Plavcovým z Prahy, a to za 8 500 000 Kč, přičemž si s sebou odvezl mnohé ze zámeckých předmětů neznámo kam.
Manželé Karel a Marie Plavcovi (1931–1938) a Karel Blažek (1938)
Zelená Hora se tedy vrátila po 147 letech zpátky do českých rukou. Plavec měl zájem na prodeji zelenohorské pošty, roku 1933 chtěl zrušit opatrovnu, a i když měl Nepomuk zájem ji odkoupit, požadovaná cena 80 000 Kč byla pro město neúnosná. Poté manželé Plavcovi prodali i Zelenou Horu, a to plzeňskému podnikateli a poslanci živnostenské strany Karlu Blažkovi. Ten však neuhradil státu převodní poplatky a zámek byl zkonfiskován.
1938–1990
Zámek se dostal do držení státu a nastalo 63 dlouhých let, při kterých zámek v podstatě jen chátral. Místo, kde se mnohdy rozhodovalo o budoucnosti českých zemí, kde byla pravděpodobně nalezena nejstarší česky psaná listina, zřízen nejstarší vodovod v Čechách, uložena Svatováclavská koruna a ve kterém přespávali ti nejvýznamnější císaři a císařovny začalo psát svou další kapitolu. Vše začalo dne 15. 3. 1939 vyhlášením Protektorátu Čechy a Morava, do zámeckých komnat se nastěhovali němečtí vojáci. Začala devastace zámku. Po skončení války byla uvalena „Národní správa“ na velkostatek Zelená Hora a část cenností pak byla rozvezena památkáři do okolních zámků, kostelů či uložena do depozitářů muzeí.
Poté bylo rozhodnuto, že se na Zelené Hoře usídlí vojenská posádka. V letech 1951–57 pak technické prapory, jimž může Zelená Hora vděčit leda za proslavení objektu v novodobé historii, a to díky zfilmovanému románu Miloslava Švandrlíka Černí baroni. Po zrušení technického praporu pokračovala v devastaci zámku armáda.
V letech 1965 a 1966 probíhaly na zámku rekonstrukční práce, byla opravena např. báň věže.
Porevoluční vývoj
Po sametové revoluci opustila v roce 1990 Zelenou Horu nadobro česko-slovenská armáda. Představitelé obce Klášter využili první příležitosti a požádali znovu o převedení zámku do svého vlastnictví.
Na zámku a přilehlých objektech chyběla ve velkém rozsahu střešní krytina, propadlé byly krovy, stropy, chyběla okna či dveře. Terasy na nádvoří a pavlán na zámecké zahradě hrozily zřícením. Ihned se proto s pomocí státu a z rozpočtu obce Klášter začalo s opravami nejvíce ohrožených míst, aby se zabránilo dalším škodám. Bohužel z dnešního pohledu nebyla většina prací provedena kvalitně a dnes jsou místa opět k opravě.
V roce 1991 vyšel restituční zákon a o navrácení kdysi Zelenohorského velkostatku zažádali potomci rodiny Blažkových i Plavcových. Pozemkový úřad Plzeň-jih, zastupující stát, odmítl podat odvolání proti rozhodnutí Okresního soudu Plzeň-jih, který přiřknul Zelenou Horu potomkům Karla Blažka. Z tohoto důvodu byla nucena odvolání podat sama obec Klášter. Soudní jednání se protáhla až do roku 2002, kdy obec vysoudila celý někdejší velkostatek Zelená Hora, ale do majetku obce přešel pouze zchátralý areál zámku. Ostatní pozemky, patřící dříve velkostatku, zůstaly ve vlastnictví státu.
V roce 2004 převedla armáda na obec Klášter i poslední objekt původního zámeckého areálu − hospodářský dvůr Šternberk. Ten byl v roce 2024 odprodán novému soukromému majiteli a v současné době funguje jako samostatná jednotka oddělená od zámku.
Za dobu, kdy byl zámek ve vlastnictví obce Klášter, se objevilo mnoho zájemců o jeho krátkodobý pronájem i soustavný provoz, přičemž úmysly některých nebyly vždy zcela korektní. Návštěvníkům se Zelená Hora otevírala pouze příležitostně. Co se týče filmového průmyslu, prostředí poničeného zámku posloužilo kromě slavného snímku Černí baroni také k natočení scén z filmu Kateřina Kurážná či seriálu John Sinclair.
Rok 2025 a noví majitelé
Na jaře roku 2025 se nakonec vedení obce rozhodlo zámek nabídnout k odkupu a 27. července schválilo zastupitelstvo prodej Zelené Hory místní společnosti KLAUS Timber. Ihned po podpisu kupní smlouvy dne 6. října téhož roku se noví majitelé pustili do práce a začali připravovat kroky potřebné k obnově zámku.
Zámek Zelená Hora je veden pod popisným číslem 1 obce Klášter, je dominantou nepomuckého regionu a významnou českou památkou. Jedná se o rozsáhlý komplex budov, jejichž oprava, zprovoznění a následná údržba si vyžádá velké úsilí i mnoho finančních prostředků. Noví majitelé nicméně udělají vše, co je v jejich silách, aby vdechli této historické perle nový život, vrátili jí důstojnost a v co největší míře ji otevřeli veřejnosti.